В 2006 году университету было передано здание – памятник истории и архитектуры Петропавловска по адресу ул. Абая, 16. В течение 2010 года на этом объекте были произведены реставрационные и ремонтные работы. К настоящему моменту в отремонтированных залах музея университета установлено экспозиционное оборудование.

Открытие музея СКГУ в марте 2011 года было приурочено к комплексу мероприятий по празднованию 20-летия Независимости РК.

На первом этаже располагаются: демонстрационный зал, зал М. Козыбаева, зал археологии и этнологии. На втором – зал учительского института, залы педагогического и политехнического институтов, зал СКУ и СКГУ им. М. Козыбаева.

Основные направления и разделы новой экспозиции:

• Экспозиция посвящена академику, историку Манашу Козыбаеву, имя которого в 2003 году было присвоено нашему университету. Уникальную экспозицию составляют документы, подлинные вещи Манаша Козыбаева, его труды, а также фото и видео материалы.
• История вуза представлена документами, фотографиями, дипломами выпускников. Представлены награды выдающимся выпускникам за общественную и спортивную деятельность. Все материалы систематизированы в определенной последовательности.
• Особое внимание в экспозиции уделено современной жизни и деятельности университета по выполнению задач высшего образования. В качестве подраздела истории университета подготовлены материалы под рубрикой «Историко-археологические исследования СКГУ им. М.Козыбаева». Эти материалы показывают основные объекты исследований Северо-Казахстанской археологической экспедиции, начиная с 1967 года и вклад ученых вуза в развитие отечественной и мировой археологической науки.
• В этнографическом разделе показаны становление этносов Северного Казахстана и характерные элементы материальной и духовной культуры различных этносов. Ежегодно студенты, преподаватели факультета истории и права принимают участие в археологической практике и научных исследованиях Северо-Казахстанской археологической экспедиции. Фонды музея постоянно пополняются новыми материалами. В музее, на учебных занятиях по истории, студенты  смогут детально познакомиться со всеми этапами древней истории края.

Согласно планам работы музея систематически ведется работа с населением города и области по сбору материалов и пропаганде деятельности университета. Совместно с Ассоциацией выпускников вуза проводится работа с бывшими студентами СКГУ разных лет, производится сбор материалов к разделу «Лучший выпускник» и ведутся записи в книге Почета «Лучшие выпускники университета».

Периодически информация о работе музея освещается в репортажах пресс-центра «Парасат» на областном телевидении и в одноимённой газете.

В музее истории вуза хранится более 5000 единиц экспонатов.

Музей посещают делегации стран ближнего и дальнего зарубежья и Казахстана, известные государственные и общественные деятели, участники международных и республиканских Форумов и конференций. Сотрудники музея являются участниками международных и республиканских слетов музейных работников, призером регионального конкурса «Лучший музей СКО».

Материалы экспозиций музея регулярно обновляются и актуализируются. Музей принимает активное участие  в предоставлении материалов при  организации конференций и  оформлении именных аудиторий.

Деятельность музея истории – важный компонент воспитания патриотизма среди студенческой молодежи. Ежегодно согласно плану работы музея истории студенты-первокурсники всех факультетов, института языка и литературы посещают экспозиции музея и знакомятся с достижениями кафедр, факультетов, вуза, что способствует повышению имиджа нашего университета и укрепляет традиции. В музее с участием наших студентов проводятся литературно-художественные композиции, посвященные академику Манашу Козыбаеву. К Дню Независимости РК,  Дню Первого Президента РК, Дню Конституции РК и другим знаменательным датам в залах музея проводится презентация этапов развития казахстанской государственности и суверенитета, демонстрируются фильмы о роли Президента РК Н.Назарбаева в становлении и развитии независимости страны.

Интеграция науки, культуры и образования в деятельности музея истории СКГУ им. М. Козыбаева